BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur memiliki susunan organisasi yang terdiri atas :
- Ketua merangkap anggota;
- Sekretaris merangkap anggota; dan
- Anggota.
Ketua BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur bertugas:
- Memimpin dan mengoordinasikan pelaksanaan tugas BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur ; dan
- Memimpin pengelolaan operasional harian BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur .
Sekretaris BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur bertugas:
- Mengelola pelaksanaan ketatausahaan BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur ; dan
- Membantu Ketua BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur dalam melaksanakan tugas.
Anggota BAN-S/MProvinsi Kalimantan Timur bertugas:
1). Menghadiri rapat dan kegiatan yang diselenggarakan BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur .
2). Membantu Ketua BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur dalam melaksanakan tugas.