Kesekretariatan BAN S/M Provinsi Kalimantan Timur terdiri dari
- Tim IT berjumlah 2 Orang
- Tugasnya Mendata jumlah sekolah di Provinsi Kalimantan Timur;
- Mengumpulkan identitas sekolah seperti alamat sekolah, profil sekolah;
- Menginput dan menyimpan data nilai akreditasi sekolah/madrasah di Provinsi Kalimantan Timur.
- Mendata jumlah, identitas Asesor di Provinsi Kalimantan Timur.
- serta tugas-tugas lainnya yang berkaitan dengan data sekolah, nilai dan tahun akreditasi, termasuk menentukan sasaran sekolah yang akan diakreditasi.
- Tim Keuangan berjumlah 2 orang
- Bertugas mengatur anggaran keuangan BAN SM Provinsi Kalimantan Timur
- Tim Sekretariat berjumlah 2 orang
- Bertugas menjalankan kegiatan kesekretariatan seperti manajen surat menyurat, mempersiapkan kebutuhan kegiatan-kegiatan pra visitasi asesor maupun kegiatan-kegiatan setelah visitasi asesor
- dan tugas-tugas lainnya yang menyangkut kesekretariatan.