BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur memiliki susunan organisasi yang terdiri atas :
Ketua merangkap anggota;
Sekretaris merangkap anggota; dan
Anggota.
Ketua BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur bertugas:
Memimpin dan mengoordinasikan pelaksanaan tugas BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur ; dan
Memimpin pengelolaan operasional harian BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur .
Sekretaris BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur bertugas:
Mengelola pelaksanaan ketatausahaan BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur ; dan
Membantu Ketua BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur dalam melaksanakan tugas.
Anggota BAN-S/MProvinsi Kalimantan Timur bertugas:
1). Menghadiri rapat dan kegiatan yang diselenggarakan BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur .
2). Membantu Ketua BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur dalam melaksanakan tugas.