BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur mempunyai tugas melakukan sosialisasi kebijakan, dan melaksanakan akreditasi sekolah/madrasah.
Untuk melaksanakan tugas tersebut, BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur mempunyai fungsi untuk:
menetapkan akreditasi sekolah/madrasah;
melaksanakan sosialisasi kebijakan, kriteria, dan perangkat akreditasi sekolah/madrasah;
melaksanakan akreditasi sekolah/madrasah;
mengevaluasi pelaksanaan dan hasil akreditasi sekolah/madrasah;
memberikan rekomendasi tentang tindak lanjut hasil akreditasi;
mengumumkan hasil akreditasi sekolah/madrasah di Provinsi Kalimantan Timur;
melaporkan hasil akreditasi sekolah/madrasah kepada BAN S/M Pusat, dan
melaksanakan ketatausahaan BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur.
Dalam menjalankan tugasnya BAN-S/M Provinsi Kalimantan Timur dapat mengangkat tim ahli, tim asesor, dan Koordinator Pelaksana Akreditasi sesuai dengan kebutuhan.